colinuxはtelnetとftpの設定してしまえば、後はpoderosaみたいなターミナルソフトでアクセスだ(colinuxのコンソールは使いづらい) あとキーボードを日本語対応にしたり、タイムゾーンを変更したりはココ参照だ。
とりあえず、せっかくdebian入れたことだし、sargeにアップグレードしておく。/etc/apt/source.list変えて、コマンドポチポチするだけダ。apt-getかなり便利と思った。
さて、Linux側の環境を整えたら、BioperlとPerlMolをインストールするヨ。
- PerlMol
- オブジェクト指向で化合物とか反応を扱う。酸クロとかの反応用のモジュール作っておくとさらに便利。ただし、蛋白質とかの巨大なものを扱うにはどうじゃろか？今ひとつな気もする。構造立ち上げとかしっかりしてくればかなりいいツールになるんじゃないかと思っている。
- Bioperl
- とりあえずお約束。フォーマット変換とかは便利。ただし、モジュールの質はまちまち。ドキュメントに不備がある場合、直接コードを読むことになるが、そういうモジュールに限って泣きたくなる度が高い。で、結局自分で書いちゃったみたいな。
PerlMolはCPAN経由で入れる。
perl -MCPAN -e 'install PerlMol'
BioperlはCPAN経由だとやたらとはまって口が半開きになって、なんでだよチクショーなんてむかつきまくってイカリンコ汁が漏れるので、素直にapt-getで（それが大人スタイル）。
素直にしこしこapt-get installしましょう。blastとかclustalwなんかも一緒に入れておくと良いですぞ。