28032010 chemoinformatics Scala MX
朝から、openbabelのjavaインターフェースを使えるようにしようといじっていたのだけど、java.lang.UnsatisfiedLinkErrorを解決することができないまま夕方になってしまった。
んーCDK使うことになるのかなぁと思ったがMXのほうが楽そうなので今回はこっちを使った。
import com.metamolecular.mx.calc.MassCalculator
import com.metamolecular.mx.io.daylight.SMILESReader
object MxTest {
  def main(args: Array[String]) {
    val calc = new MassCalculator
    for (mol <- args) {
      val mw = calc.findAveragedMass(SMILESReader.read(mol))
      println(mol + ": " + mw)
    }
  }
}
実行してみる
scalac mxtest.scala 
scala MxTest "CCC" "CO" "CNC"
CCC: 44.09562
CO: 32.04186
CNC: 45.08368
Liftを使って構造関係を扱えるWikiを作ってみたい。
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