11052009 chemoinformatics DMPK

PBPKモデルのシミュレーション

我が国における医薬品開発に関する提言探索的早期臨床試験とPK/PD 試験の推進という資料で。

PB-PKモデルは概念的なコンパートメントモデルを仮定せず，薬物が経口あるいは非経口で投与された後に起きる吸収，分布，代謝及び排泄を，薬物の分子特性(蛋白結合，膜透過性，酵素親和性等)と生理学的･解剖学的データベース(組織容量，血流速度等)により表現した物理学的な薬物動態モデルである．

これを、思いついた時に試せるような状況にしておきたいのだが、なかなか良い書籍がみつからない。

11052009 DMPK

「薬物代謝学—医療薬学・毒性学の基礎として」を読んだ

ちょと基礎的すぎた。わざわざ買うほどのこともなかった気はするが。

ProductName 薬物代謝学―医療薬学・毒性学の基礎として

東京化学同人 / ￥ 3,990 ()
在庫あり。

欲しい情報は得られなかったが、表が分かりやすかったのでよしとしよう。

10052009 chemoinformatics R DMPK

RでDMPK

chemoinformatics的には最もlateなフェーズである、QSPkRとかモデル動物からヒト外挿あたりにブームがやってきたので、色々と調べたりいじったりする日々を。

どっちかっていうとPK/PD,PBPKのようなモデルに興味があるのでそういったパッケージがないかと、CRANを漁った。

CRAN Task View: Analysis of Pharmacokinetic DataによるとPK/PD modelはnlmeODEパッケージを使えばいいらしい。

PBPKに関してはR-ForgeにRDynamicってのを見つけた。

ちょっとnlmeODEのサンプルを

data(Theoph)
TheophODE <- Theoph
TheophODE$Dose[TheophODE$Time!=0] <- 0
TheophODE$Cmt <- rep(1,dim(TheophODE)[1])
OneComp <- list(DiffEq=list(
dy1dt = ~ -ka*y1 ,dy2dt = ~ ka*y1-ke*y2),
ObsEq=list(
    c1 = ~ 0,
    c2 = ~ y2/CL*ke),
    Parms=c("ka","ke","CL"),
    States=c("y1","y2"),
    Init=list(0,0))
    TheophModel <- nlmeODE(OneComp,TheophODE)

Theoph.nlme <- nlme(conc ~ TheophModel(ka,ke,CL,Time,Subject),
data = TheophODE, fixed=ka+ke+CL~1, random = pdDiag(ka+CL~1),
start=c(ka=0.5,ke=-2.5,CL=-3.2),
control=list(returnObject=TRUE,msVerbose=TRUE),
verbose=TRUE)

plot(augPred(Theoph.nlme,level=0:1))

indometh

よくよく考えてみるに、既に3年くらい前にはこういうことに必要性を認識していたのだけどなぁ。

ProductName Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development (Wiley Series in Drug Discovery and Development)

Wiley-Interscience / 17107円 ( 2006-06-30 )