朝からQM関連の論文読みまくってちょっと疲れたので写経してみた。Rは作図が楽だし大抵きれいに描いてくれるから良いですよね。

• Analysing data from GEO - Work in Progress / Mark Dunning

このチュートリアルは大変わかりやすいですが、dplyrとかlimmaはわかっている前提なので別途他のドキュメントで保管する必要があるかもしれないです。

それから、写経して気づいたんですがvolcano plotのとこ多分こうだと思います。

full_results %>% 
+     mutate(Significant = adj.P.Val < p_cutoff & abs(logFC) > fc_cutoff ) %>% 
+     mutate(Rank = 1:n(), Label = ifelse(Rank < topN, Symbol,"")) %>% 
+     ggplot(aes(x = logFC, y = B, col=Significant,label=Label)) + geom_point() + geom_text_repel(col="black")

一通りやったら、YouTubeにもう少し複雑な例を同じ流れでやっている動画があるのでみると更に理解が深まると思います。

このタイミングでまたバイオインフォマティクスにコミットしなきゃならんのかよーとか思っていたけど、実際やってみると色々と新しい発見もあるし生物学はやっぱり面白いですね。