17 11 2017 chemoinformatics Tweet
先週promiscuity cliffsというSBDDerにはちょっと受け入れがたい概念があることを知りまして、帰りの新幹線の中で検索してたらopen accessの論文を見つけた。
SIにデータがあったのでligand expoのデータを使って検索してみた。
結果はGithubにあげておきました。
全部で20複合体くらいヒットしたので丁寧に観察してからめぼしいものをFMO計算でもかければいいんじゃないかなと思っている。
High Promiscuity CliffsをPDBからみつけてきてFMOかけて量子化学的な解釈つければ一報いけるかな？
— kzfm (@fmkz___) 2017年11月15日
論文読んで作業していてちょっと思ったのは
- cliffの方向わからんと困るつまり活性が大きく上がったのがそれとも下がったのかの方向が必要だなと
- 例えばシビアな認識するATPポケットみたいなものだったらちょっと構造変わったら軒並み活性減弱とかだと面白くない
- PAINSフィルターに引っかからないアーティファクトも混じっている可能性は否定できないな
あたり。今回サイエンス的な興味と論文がオープンアクセスだったので、試した結果もオープンにしてみたけど、DIYでできるようなFMOクラスターとかDeepLearning用のGPU計算機とか欲しくなるわ。