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05 12 2015 chemoinformatics deeplearning Tweet

Chemoinformaticsにおいて深層学習は有用なのか知りたいので勉強しているところ

深層学習が届いていたので読んでいました。

ProductName 深層学習: Deep Learning
麻生 英樹
近代科学社 / 3780円 ( 2015-11-05 )


対象読者としては、レビューにもあるように

ただどちらも内容の難易度は少し高めで、またビジネスへの応用が書いてあるわけでもないので 「ディープラーニングって最近よく聞くけど何がすごいの?」 というような疑問を持つ一般人や分野外の人には向いてないだろう。 あくまでこの分野を研究している人向けの本である。

だと思う。少なくともPRMLは読んでいないとしんどいと思うのだけど、読むと確実に広がるのでこの際ついでに読みましょう☆

ProductName パターン認識と機械学習 上
C.M. ビショップ
丸善出版 / 6825円 ( 2012-04-05 )


ProductName パターン認識と機械学習 下 (ベイズ理論による統計的予測)
C.M. ビショップ
丸善出版 / 8424円 ( 2012-02-29 )


僕自身は分野外ではあるのだけど、タイトルにもあるようにChemoinformaticsへ適用できるかなぁっていうことで興味を持っているので、一部の基礎編と二部の応用編の画像認識、自然言語処理の章が参考になった。

高速文字列解析の時もそうだけど、結局化学構造は文字列表現とかグラフ表現するので、シニフィエ、シニフィアン的な側面があって、こっちの学問も必然的に追いかけないとトレンドキャッチアップできないよねと。しているヒトがあんまりいないけど。

本書を読んでいて、なんとなく自然言語処理で使われているような方法論を取り入れてみればいいのかなぁと思ったけど、ECFP(FCFP)って結局bi-gram,tri-gramみたいなもんだし、自然言語には文法という並びに意味があるけど、化合物の文字列表現の場合は方向がそろっているわけではないからその辺りをどうにかしないと難しいよねと改めて思ったのと。

現状の化合物の表記法が、例えば軌道とかを暗(implicit)に記述できているのかなぁというあたりがちょっと疑問。

そういった点も含めてKaggleのあれに関しては別のエントリでちょっとメモった。

それから、もし資料が作れればMishima.sykで話すかもしれません。

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