最近RHEL6を与えられたのだが、Pythonのバージョンが2.6系なので2.7系を入れつつ以下のパッケージを導入したのでメモ
- numpy
- scipy
- scikit-learn
- matplotlib
- ggplot
- ipython (ipython notebook)
Pythonのインストール
開発環境をrpmで入れておく
yum groupinstall "Development tools"
yum install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-devel tk-devel gdbm-devel db4-devel libpcap-devel xz-devel
あとはPythonをソースからインストールする
pipのインストール
wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py python get-pip.py
blas,lapackのインストール
scipyにはlapack(付きのnumpy)が必要なのだけどyum install blas,lapackは上手くいかないのでソースからインストールした。
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzfv lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc
meke.incのオプションを修正する -fPICオプションを追加。もし64ビットマシンなら-m64オプションも追加
FORTRAN = gfortran OPTS = -O2 -frecursive -fPIC -m64 DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = -O0 -frecursive -fPIC -m64
書き換えたらmakeする
make blaslib; make lapacklib
出来た*.aを適当なディレクトリに配置して環境変数を設定し、.bashrcとか/etc/profileに追加しておく
export BLAS=/[path]/[to]/librefblas.a export LAPACK=/[path]/[to]/liblapack.a
numpy,scipyのインストール
pip install numpy
インストール出来たらblas,lapackが使われているかどうかを確認するためimport numpyしてnumpy.show_config()で確認しておく。
OKだったらscipyを入れる。
pip install scipy
matplotlibのインストール
libpngが必要なのでyumで入れる。それからRHEL6のfreetypeは2.3だがmatplotlib1.4.0でも動くので設定ファイルを書き換えてコンパイルする。
yum install libpng libpng-devel
1.4.0のソースをダウンロード
tar xvfz matplotlib-1.4.0.tar.gz
setupext.pyでfreetypeの2.4以上をチェックしているところを2.3に書き換える
python setup.py install
scikit-learn, pandas, ggplot, ipythonのインストール
入れるだけ
pip install scikit-learn pip install pandas pip install patsy pip install ggplot pip install pyzmq pip install jinja2 pip install tornado pip install ipython