先週の自分の発表の時、Hさんに複数のMMPを同時にふるようなやり方はうまくいくのか聞かれて、難しいのではないかと直感的に答えたのだけど、お昼寝しながらあの答えで正しかったのかなぁと考えていた。

というより、ゴロゴロしながら考えていたら寝てしまったのだけど。

MMPでコアの構造を考えなくて良いとした場合には再帰的にフラグメントの置換が可能になってしまうので、ちょっとこまる。メチル基3つつけたら3倍の効果がでるかと言われればそれは難しいんじゃないのと。

クラシカルなQSARやれるような場合はそれぞれのフラグメントの効果は独立だからうまくいくんだろうなと思う。

つまりフラグメント-フラグメント相互作用とかフラグメント-コア相互作用なんかを考慮しなくていい場合にはうまくいく感じがする。

FBDDやる場合にはフラグメント-コア相互作用として歪のエネルギーを考慮していますね。