09 07 2013 chemoinformatics Python Tweet
IC50とKiのトレンドをChEMBLのデータセットから探るという論文を読んでいたら、データ抽出のフィルターにconfidence level == 9を入れていたので、これは何かなぁと。
>>> from pychembldb import * >>> for c in chembldb.query(ConfidenceScore).all(): ... print c.description ... Default value - Target unknown or has yet to be assigned Target assigned is non-molecular Target assigned is subcellular fraction Target assigned is molecular non-protein target Multiple homologous protein targets may be assigned Multiple direct protein targets may be assigned Homologous protein complex subunits assigned Direct protein complex subunits assigned Homologous single protein target assigned Direct single protein target assigned
これはキュレーターが付与してるのかな？ そうだとしたらかなりありがたい分類だ。
Direct single protein にアサインされているアッセイ数を調べてみる
>>> from pychembldb import * >>> c9 = chembldb.query(ConfidenceScore).filter_by(description="Direct single protein target assigned").one() >>> len(chembldb.query(Assay).filter_by(confidencescore=c9).all()) 76773