Drkcore

26 06 2013 chemoinformatics Tweet

MMPを構造ベースで解釈する試みはコンテキストが入りまくって一般性は得られないよね

VAMMPIREという

  1. PDBの複合体構造からリガンドを引っ張ってきて
  2. ChEMBLからMMPをサーチして
  3. ドッキングモデルを構築してWebGLで表示する

っていうDatabaseの論文をみつけたのだけど、コンテキストが入りまくりなのはどうなのかなぁ?タンパク質-リガンド相互作用を骨格の多様性で積分したら普通ゼロになるよね?実用性に疑問符がと思ったが、

ふと、あーFMOの題材としてはいいんじゃないのかなぁと閃いた。置換基変換のペアとKi差や活性差の値が出ているからFMOのエネルギー比較して色々遊べるかな。

vammpire

About

  • もう5年目(wishlistありマス♡)
  • 最近はPythonとDeepLearning
  • 日本酒自粛中
  • ドラムンベースからミニマルまで
  • ポケモンGOゆるめ

Tag

Python Deep Learning javascript chemoinformatics Emacs sake and more...

Ad

© kzfm 2003-2021