pychembldbでつくるChEMBLウェブサービス

16 06 2013 chemoinformatics Python Tweet

pychembldbでつくるChEMBLウェブサービス

Flaskとpychembldbを使えばChEMBLウェブサービスみたいなのは簡単に作れるよと、朝の30分くらいを使ってちょっとやってみた。

pychembldbはSQLAlchemyのラッパーなので、Flaskのほうではルーティングを設定して、ハンドラ関数用意すればいいだけ。特にFlaskはJSON化する関数が用意されているのでJSONで返すのはラク。

@app.route("/chemblws/compounds/<chembl_id>")
def compound_by_ChEMBLID(chembl_id):
    compound = chembldb.query(Molecule).filter_by(chembl_id=chembl_id).one()
    result = {...}
    return jsonify(result)

という感じでDictionaryを用意してxmlかjsonに変換して返せばいいので、とりあえずChEMBLIDを与えると対応する化合物情報を返すAPIを実装してExamplesに用意してみた。

自前でサービスを用意することのメリットは

外部に情報が流れない
レスポンスが速い
沢山投げても怒られない

ということの他に

自分たちの用途に合わせて拡張できる
データベースのスキーマをきちんと理解できる

という部分もあるかなと思います。例えばChEMBLウェブサービスにはジャーナルのdoiから構造リストを返すというAPIは存在しないけど、project毎にジャーナルをまとめていたりするときにはそういうAPIが用意されていると便利かもしれませんよね？

最初、ウェブサービスが返す情報は固定なのかなと思い、決め打ちで用意したのだけど、CHEMBL1とCHEMBL2で返ってくるjsonのキーが違うので、valueが存在するのものをすべて返しているのかな。

もう少しちゃんと出来たらきちんとテストを書こう。

CHEMBL1

{
    "compound": {
        "acdLogd": 7.67, 
        "acdLogp": 7.67, 
        "alogp": 3.63, 
        "chemblId": "CHEMBL1", 
        "knownDrug": "No", 
        "medChemFriendly": "Yes", 
        "molecularFormula": "C32H32O8", 
        "molecularWeight": 544.59, 
        "numRo5Violations": 1, 
        "passesRuleOfThree": "No", 
        "rotatableBonds": 2, 
        "smiles": "COc1ccc2[C@@H]3[C@H](COc2c1)C(C)(C)OC4=C3C(=O)C(=O)C5=C4OC(C)(C)[C@@H]6COc7cc(OC)ccc7[C@H]56", 
        "stdInChiKey": "GHBOEFUAGSHXPO-XZOTUCIWSA-N"
    }
}

CHEMBL2

{
    "compound": {
        "acdBasicPka": 6.52, 
        "acdLogd": 2.09, 
        "acdLogp": 2.14, 
        "alogp": 2.11, 
        "chemblId": "CHEMBL2", 
        "knownDrug": "Yes", 
        "medChemFriendly": "Yes", 
        "molecularFormula": "C19H21N5O4", 
        "molecularWeight": 383.4, 
        "numRo5Violations": 0, 
        "passesRuleOfThree": "No", 
        "preferredCompoundName": "PRAZOSIN", 
        "rotatableBonds": 4, 
        "smiles": "COc1cc2nc(nc(N)c2cc1OC)N3CCN(CC3)C(=O)c4occc4", 
        "species": "NEUTRAL", 
        "stdInChiKey": "IENZQIKPVFGBNW-UHFFFAOYSA-N", 
        "synonyms": "CP-12299,Minipress,Minizide,PRAZOSIN,Prazosin"
    }
}

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