01 12 2012 chemoinformatics Python Tweet
ローカルに構築したChEMBLにアクセスする場合には生のSQLじゃなくてSQLALchemyを使ったほうが楽だ。その場合にはMetaDataのrelflectをTrueで。
from sqlalchemy import create_engine, MetaData db = create_engine('mysql://user:password@localhost/chembl_14?charset=utf8&use_unicode=0') metadata = MetaData(bind=db, reflect=True) table = metadata.tables['target_dictionary'] stmt = table.select(table.c['organism'] == 'Homo sapiens') for r in stmt.execute(): print r.chembl_id, r.pref_name
ChEMBLって、生物種を正規化してないのね。パフォーマンスの問題かな？
Bioinformatics Programming Using PythonMitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5075円 ( 2009-12-23 )