23 02 2012 chemoinformatics Python openbabel Tweet
pybel(openbabel)で立体構造の立ち上げを行うのは簡単だ。
import pybel mol = pybel.readstring("smi", "c1ccccc1C") mol.make3D() mol.write("mol")
コードを眺めていたら構造をたちあげるメソッドは
- make3d
- localopt
- globalopt # ただし2.3.1ではコメントアウトされてた
make3dもglobaloptもlocaloptのstep数を変えて呼び出している。
localoptメソッドはデフォルトではmmff94パラメータを使って最急降下法で構造最適化をしている。