28 01 2012 chemoinformatics Python openbabel Tweet
2.3.1がリリースされたようです。
個人的に興味があるのは
- PNG files from Open Babel contain molecular information and can be read to give the MDL Molfile.
- Pybel now uses the built-in 2D depiction, and no longer needs OASA.
とABINITのフォーマットに対応したあたりかな。
あと、openbabel-python.iをいじってたので、ここをいじった場合のコンパイルのオプションをメモっておく。swigが有効になるようにしないといけないのに気付かなくてハマった。
cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DEIGEN2_INCLUDE_DIR=/usr/local/tmp/eigen-eigen-2.0.12 -DRUN_SWIG=ON
OBGenericからOBOrbitalDataへのキャストをできるようにして、vector
orb = toOrbitalData(mol.GetData(openbabel.ElectronicData)) orb.GetAlphaOrbitals()[orb.GetAlphaHOMO()-1].GetEnergy()
とやるとHOMOのエネルギー(eV)を得られるようになっている。
追記12.01.28
homebrewでいれたpythonで使いたい場合optionで指示する
$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON \ -DPYTHON_LIBRARY=/usr/local/lib/libpython2.7.dylib -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/local/bin/python \ -DEIGEN2_INCLUDE_DIR=/Users/kzfm/openbabel/eigen-eigen-2.0.17 -DRUN_SWIG=ON