drkcore

2009/11/30 21:48:27

openbabelのリングサーチ

openbabelのringsearchがちょっと使いにくい気がする。部分構造をmolオブジェクトで返すメソッドがあっても良いんではないか？

from openbabel import *

obconversion = OBConversion()
obconversion.SetInFormat("smi")
obconversion.SetOutFormat("smi")
obmol = OBMol()

notatend = obconversion.ReadString(obmol,"c1ccccc1CC(=O)C2CCC2C(=O)O")

for r in obmol.GetSSSR():
    for a in  r._path:
        print a

これだと原子のIDしか返さない。

でも縮環チェックしたいんだったら、原子のリストがかぶるかどうかをリングの構成原子のIDをつかって調べればいいのでminimumの環からmaximumの環にするのは難しくはないか。

アトムのリストを渡したら部分構造検索を実行して、結果としてマッチした構造をmolとして返すメソッドがあればいいのか。

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