drkcore

2010/01/12 10:49:28

openbabelのAddHydrogens

XYZでreadした分子(CC)もAddHydrogensできない

>>> from openbabel import *
>>> conv = OBConversion()
>>> conv.SetInFormat("xyz")
True
>>> mol = OBMol()
>>> conv.ReadFile(mol, "test.xyz")
True
>>> mol.NumAtoms()
2  
>>> mol.AddHydrogens()
True
>>> mol.NumAtoms()
2

でも分子中のそれぞれの原子を指定して

mol.AddHydrogens(atom)

としてやればきちんと水素が付加されることがわかったので、とりあえずスクリプト中でループをまわせばいいかな

chemoinformatics Python openbabel

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