12 01 2010 chemoinformatics Python openbabel Tweet
XYZでreadした分子(CC)もAddHydrogensできない
>>> from openbabel import *
>>> conv = OBConversion()
>>> conv.SetInFormat("xyz")
True
>>> mol = OBMol()
>>> conv.ReadFile(mol, "test.xyz")
True
>>> mol.NumAtoms()
2
>>> mol.AddHydrogens()
True
>>> mol.NumAtoms()
2
でも分子中のそれぞれの原子を指定して
mol.AddHydrogens(atom)
としてやればきちんと水素が付加されることがわかったので、とりあえずスクリプト中でループをまわせばいいかな