12 01 2010 chemoinformatics Python pluto Tweet
というわけで、分子量とかformulaとか出せるようにしておいた。
CCC propane
CC ethane
c1ccccc1 benzene
CO methanol
というsmilesを
babel -ismi test.smi -osdf testsdf
で変換したファイルを使った。ExactMassを計算する場合は
>>> from pluto import *
>>> mols = Molecule.readfile("test.sdf")
>>> for mol in mols:
... print mol.exactmass
...
44.062600256
30.046950192
78.046950192
32.026214748
ついでに分子量と化学式も
>>> from pluto import *
>>> mols = Molecule.readfile("test.sdf")
>>> for mol in mols:
... print mol.formula, mol.molwt
...
C3H8 44.09562
C2H6 30.06904
C6H6 78.11184
CH4O 32.04186
openbabelにはPerlMolでいうところのcombineみたいなメソッドがないので反応させるところで悩み中。