drkcore

2010/01/12 11:13:08

ExactMassを求める

そういえば多数の化合物からなるsdfからExactMassってどうやって計算したらいいのかね？と尋ねられて、

うーんそれはね、perlでChemistry::OpenBabelモジュールを使ってだなぁ、ごにょごにょとやればいいんだよ、ほら楽勝だろ。

とか言ってみたんだけど、別にpythonでもいいので書いてみた。

import openbabel as ob

obconv = ob.OBConversion()
obconv.SetInFormat("sdf");
obmol = ob.OBMol()

notatend = obconv.ReadFile(obmol, "test.sdf");
while notatend:
    print obmol.GetExactMass()
    obmol = ob.OBMol()
    notatend = obconv.Read(obmol)

たぶんPlutoだったら

from pluto import *

for mol in Molecule.readfile("test.sdf"):
    print mol.ExactMass

と書けるようになるはず。

でも今夜はOBChemTsfmとかいうクラスがねーとかいう謎の深みにはまりかけ、SWIGやらC++にやられっぱなしでそれどころじゃないのであった。

chemoinformatics Python pluto

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