2010/01/12 11:12:29
Pluto : Python module for chemoinformatics
PythonでもPerlMolみたいに化学反応を手軽に扱えるツールが欲しいなぁという欲求があったので書いてみることにした。PybelみたいなOpenBabelのラッパーだけど。
そういえば、PyMOLやPyChemという、それっぽい名前は既に使われてるんですよな。
で、アトムにちなんでみた。
PLUTO (1) (ビッグコミックス)でも、国内しかわからなんだろうな。海外だとastro boyなんでしょ？まぁいいや。
>>> from pluto import *
>>> mol = Molecule.readstring("c1ccccc1O")
>>> mol.title = "phenol"
>>> mol.writestring()
'c1c(cccc1)O\tphenol\n'
とりあえず、readとwriteまではできた。SMARTSのクラスも作ってあるのだけどアトムばっか返ってきてボンドの返し方がよく分からん。
diels-alder反応ぐらいまで書けるようにするとこまではとっととやる。