12 01 2010 chemoinformatics Python Tweet
化合物の最適化の過程というもをグラフ表現にしてとっておけば、あとあと色々と使いまわせていいんじゃないかと思っている。
で、エッヂは化合物でいいとして、ノードは有向グラフで表したいが、部分構造を内包するかどうかで親子関係を決めるのがいいのか、それとも、時系列で古いほうを親にするのがいいのかそれとももっといいやり方があるのか悩ましい。
可視化は、Cytoscapeが丁度よさそうだったんだけど、Python から Graphviz を使うを見て、NetworkXというものがあるのを知った。
matplotlibで綺麗に出力できるし、これはなかなか楽しそうだ。