Rで蛋白質の立体構造とか配列を扱えるパッケージをdel.icio.us経由で発見。

Bio3D: Home

Bio3D is an R package containing utilities for the analysis of protein structure, sequence and trajectory data.

Structure Biologyっぽい関数が多くて、MDの解析したりとか。あまり凝ったことはできないみたいだけど、Rからpdbのデータ読めるのはかなり便利。DistanceMatrix綺麗に描いてくれるだけでも、ちょっとした用途に使える。

> library(bio3d)
> pdb <- read.pdb(system.file("examples/1bg2.pdb", package="bio3d"))
[1] "HEADER    MOTOR PROTEIN                           04-JUN-98   1BG2              "
> k <- dm(pdb, selection="calpha")
> plot(k)

この勢いで膜貫通予測とかできるようにならんかな。あとリガンドとのDistanceMatrixを作るにはマトリックス少しいじればよいかな。というか、こうやって作ったマトリックスそのものをfingerprintに変換してplsとかpcaとかにまわせられたら素敵かも。

この場合、CoMFAとか違いがでるかな？うーん、やってみないとちょっとイメージできないかも。