perlmolでparse_smiするとwarningが出るのでなんでかな？と思って調べたところ、名前を入れてやらないと駄目らしい。

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3/Chemistry/File/SMILES.pm line 500. Oc1ccccc1Cl

ってエラーがでるので、

my $react = Chemistry::Mol->parse('c1ccccc1Cl Cl-benzene', format => 'smiles');

ってしてやれば解消される。