Drkcore

07 12 2005 bioperl Tweet

Bio::Biblio

PubMed ID から論文のリファレンスを作成して表示するプラグインが欲しいのでbioperlにいい感じのスクリプトが転がってないか調べていたのだが、どうもナサゲ。というより、実はちゃんとみたのが初めてだが、EBIとbless多め、サンプルスクリプト少な目な感じです(biblio関連だけ?)。

半日ぐらい費やして眺めていたらBio::Biblio*あたりはなんとなくわかったが、フェッチするとopenBQSに行ってしまう。-accessでNCBIに変えられるみたいだがイマイチいいサンプルがない。

bioperlに頼らずEutilsのRESTとXML-Parserでゴリゴリやったほうが早かったが、ワンライナーは便利だ。

$ perl -MBio::Biblio -e 'print new Bio::Biblio->get_by_id ("15931766")'

というわけで、週末にでもblosxom用のpubmedリファレンス用のプラグインを作ります。

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