Energy Decomposition Analysis

Tue, 23 Jun 2009 23:13:48 +0919

複合体結晶構造から重要な残基とのインタラクションを見積もるのに、リガンドと特定の残基のシンプルなモデルを切り出してきて、きちんと計算すればよかろうと。

とか書いておいて、FMOの結果から相互作用の強いアミノ酸残基とリガンドを切り出してきて、morokuma-analysisしてみたけど、ちっとも収束しなかった。

うーん、これは困ったと、切り出したモデルでオプティマイズかけて再度計算してみたけどやっぱり収束しなかった。

結晶構造の座標みたいにあまり安定でないデータからエナジー出して、その成分をELECTROSTATIC,EXCHANGE REPULSION,POLARIZATION,CHARGE TRANSFERに分解する技術はきちんと押さえておく必要があるんだけど、どうやればいいんだろうか？

やっぱPIEDAの論文読んでおく必要ある？

43 Pair interaction energy decomposition analysis, D. G. Fedorov, K. Kitaura, J. Comp. Chem. 28 (2007) 222-237.

gamess / Drkcore