colinux / Drkcore

R4にCatalystとPlaggerをインストール

Wed, 08 Mar 2006 23:23:30 +0919

R4のColinuxにCatalystとPlaggerをインストールしようとしたら、Test::Treeあたりで、Weak referencesのエラーが出るので、perlのバージョンあげることにした。

といってもdebなパッケージの作り方良くわからんので、素直にソースからインストール。perl5.8.8のインストール完了。

で、改めてPerlモジュール突っ込み開始（4時間ほど）。途中Expatで躓いたが、libexpat-devでもlibexpat-develでもなく

apt-get install libexpat1-dev

だった。紛らわしい。

PerlMolもこれで動くようになったはず（確認してないけど）。Chemネタ的にはChemrubyも1.0.0がリリースされていましたね。こっちも、暇をみつけていじり倒さねば。

debian(sarge)のperl5.8.4はperlmolが動かん

Sun, 15 Jan 2006 15:19:32 +0919

R4でコード書いていたら、以下のエラーが。

Weak references are not implemented in the version of perl at /usr/local/share/perl/5.8.4/Chemistry/Atom.pm line 51

どうも、Scalar::Utilのweakenが駄目みたいで、perlのバージョンのせいっぽい感じ。

なんで、Perlのバージョンあげるか落とすかしないといけないんだけど、apt-getいまいち把握していないから、いじるの怖い。

と、思ったら、

colinuxだからイメージファイルコピーして、バックアップとっておけば、やりたい放題なことに気づく。

これから、ソースから5.8.7入れます。

colinux(debian)にjavaとjythonを導入

Thu, 05 Jan 2006 22:06:21 +0919

colinuxの容量も増えたことだし、要領よくjavaをインストールだ。

debが用意されていないのでココみて自前で作成、インストール。

jythonはjythonからjarファイルをダウンロードしたら、

java -jar jython_Release_2_2alpha1.jar

でOK

jython使えれば、CDKとかjchempaintのjavaライブラリ使えるし、PyMOLみたいな立体構造いじり系に加えてbiopythonで配列処理も出来るから、結構よさげな感じだ。

colinuxのイメージファイルを拡張

Wed, 04 Jan 2006 23:38:52 +0919

colinuxのイメージファイルはデフォルトで2Gなので、色々入れていたら、フルになってしまった。

このままではjava,jythonが入らん

早速4Gへの拡張を試みる。といっても手順としては簡単。リンクの手順どおりにやれば出来る。ただし、スワップ領域ちゃんと用意しておかないと/proc/kcoreあたりで動かなくなるので注意ダゾ。

fsutilでswapfileを用意したらmkswap実行してmountするようにfstabを修正
4Gのイメージをダウンロードして展開
confをいじってマウントできるようにしておく
適当なディレクトリに4Gイメージをまうんとしたらそっくりコピー
filenameをもとのルートイメージと入れ替えて起動しなおす。
http://clouder.jp/yoshiki/mt/archives/000406.html
http://wiki.colinux.org/cgi-bin/ExpandingRoot

CDKで構造描画(Linux)

Wed, 04 Jan 2006 21:45:32 +0919

linuxで二次元構造立ち上げる場合はXからの場合は問題ないが、ターミナルから起動するときにはjavaのAWTでこけるのでXvfbで仮想Xを起動してからprogramを動かす。FC1はXFree86-XvfbだけどFC2はxorg-x11-Xvfbだった。yumで入れられなくてちょっと悩んだ。

Linuxは画像出力サーバーとかCGIで使いたいからこの設定は必須でしょう。

http://www.doumo.jp/postgretips/tips.jsp?tips=6

colinux(debian)にChemRubyを導入

Sat, 31 Dec 2005 10:37:41 +0919

年末を利用してCMLをSVGに変換するperlスクリプトでも書いておくかなと情報収集したら、ChemRubyなるものがあるのね。

で、ChemRubyのプロジェクトを探してドキュメントを探ってみたが、

立ち上がったばかりで、大して書いてニャァ　

ドキュメントの充実はこれからなのかな。頑張って欲しいとこだ。というわけで、ないものはないしそれは仕方ないので、実際に導入して自分で確認してみることにした(このあたりから目的と手段がよくわからなくなったのかなんないのか？)。

まずはcolinux-debianにrubyのインストール。

apt-get install ruby apt-get install ruby1.8-dev

で、続いてchemrubyはココに倣ってさくっとナ。

さて、これでいじる環境できたが、sampleが少なめなのでイマイチわかりづらかった。僕がそもそもruby使いではないせいでもあるが。

知りたかったのはグラフィックライブラリの充実度と、smilesから構造立ち上げて、sdfで出力した場合にうまいこと座標を割り付けてくれるのかどうかだったんだけど。

年始にでもまたいじってみよう。

colinux(debian)にEMBOSS+Bio::Emboss

Fri, 23 Dec 2005 21:28:18 +0919

colinuxにバイオ関連のツールを入れる場合に配列解析用のEMBOSSは外せない。 colinuxにはX入れてないのでwith-x=noオプションをつけてコンパイル

./congigure --with-x=no make make install

続いてBio::Embossを入れてperlからも扱えるように。

per -MCPAN -e 'install Bio::Emboss'

これは駄目、こけた。.cpan/build/Bio-Emboss-3.0.0をみてみると、環境変数の設定とライブラリを展開しておかないといけないらしい。なんで、さっきインストールに使ったEMBOSS-3.0.0ディレクトリを/usr/local/srcに移してexportで次の二つの環境変数を設定。

$EMB_ROOT=/usr/local
$EMB_SRC_ROOT=/usr/local/src/EMBOSS-3.0.0

更に、メモリも256Mまであげないとコンパイルが通らないがswap用のイメージ用意していないので、default.colinux.xmlにメモリを256にして再起動

あとは普通に

perl Makefile.PL make make install

でOKだが、ライブラリアクセス用のモジュールなので当分使わないかも。コマンド呼び出しのモジュールはないのかな？bioperlはアウトプットパーザーみたいなナ感じでイマイチだし。知らないだけか？

colinux(debian)にRを導入

Wed, 21 Dec 2005 21:54:41 +0919

まずはdebianに開発環境を入れておく。

apt-get install gcc g77 g++
apt-get install libreadline5-dev

それから、Fedoraにインストールした時の記憶を頼りにに構築開始。RSOAPのページをみれば必要なものはわかるが、apt-getでインストールできたりできなかったりとかなり、紛らわしい。

まずR自体、--enable-R-shlibオプションつけておかないといけないので、自分でmake。colinuxではXは使わないので--withx=noで、あとは--enable-R-shlibも。

./configure --enable-R-shlib --with-x=no

SOAP関連はapt-getで、SOAPpyとPyXMLが入る。

apt-get install python-soappy

fpconstはないので素直に。rpyはapt-getで入れるとsessionライブラリをロードできないのでこれも普通に入れる。

python setup.py build
python setup.py install

Rのほうではsessionを入れておく。

R CMD INSTALL session_1.01.tar.gz

これでRSOAPをインストールすれば動く。サンプルのクライアントがついているので、それで動作確認。

これで、一台のマシンでRSOAPサーバー＋クライアント環境が揃うので、移動中に開発できるヨ。

colinux(debian)にBioperlとPerlMolをインストール

Tue, 20 Dec 2005 12:29:15 +0919

colinuxはtelnetとftpの設定してしまえば、後はpoderosaみたいなターミナルソフトでアクセスだ(colinuxのコンソールは使いづらい) あとキーボードを日本語対応にしたり、タイムゾーンを変更したりはココ参照だ。

とりあえず、せっかくdebian入れたことだし、sargeにアップグレードしておく。/etc/apt/source.list変えて、コマンドポチポチするだけダ。apt-getかなり便利と思った。

さて、Linux側の環境を整えたら、BioperlとPerlMolをインストールするヨ。

PerlMol
オブジェクト指向で化合物とか反応を扱う。酸クロとかの反応用のモジュール作っておくとさらに便利。ただし、蛋白質とかの巨大なものを扱うにはどうじゃろか？今ひとつな気もする。構造立ち上げとかしっかりしてくればかなりいいツールになるんじゃないかと思っている。
Bioperl
とりあえずお約束。フォーマット変換とかは便利。ただし、モジュールの質はまちまち。ドキュメントに不備がある場合、直接コードを読むことになるが、そういうモジュールに限って泣きたくなる度が高い。で、結局自分で書いちゃったみたいな。

PerlMolはCPAN経由で入れる。

perl -MCPAN -e 'install PerlMol'

BioperlはCPAN経由だとやたらとはまって口が半開きになって、なんでだよチクショーなんてむかつきまくってイカリンコ汁が漏れるので、素直にapt-getで（それが大人スタイル）。

Package: bioperl

素直にしこしこapt-get installしましょう。blastとかclustalwなんかも一緒に入れておくと良いですぞ。

colinux+debian

Mon, 19 Dec 2005 21:46:02 +0919

いつも持ち歩いているR4にはActivePerlを入れていたんだが、PPMだとperlmolがしょぼかったり、Bioperlもあれなので、プログラム書く気が起きんヨ。かといって、Knoppixもなぁ（というかR4にCDROMドライブついてないし）で、coLinux入れてすこぶるいい感じ

ホストのWinをゲストのdebianのクライアントみたいに使えるのでいつも使っているWinの環境でそのままLinuxにアクセスできる
ブリッジすれば、そのままサーバーとして使えるので、HTTPのテストに使ったり、まぁいろいろ便利
もちろんdebianでapt-get使えたり、CPANもOK

ERROR STORM参考に、Cooperative Linuxを入れる。設定ファイルのデフォルトがc:coLinuxだったのでインストール先もそこにした。設定のXMLファイルはディレクトリの大文字小文字を認識しているっぽいので注意。あと、Root Filesystem imageのダウンロードがうまくいかなかったので、sourceforgeから直接落としてきてeoで解答して、c:coLinuxroot.imgという名前で保存。あとは、default.colinux.xmlをちょっといじれば起動する。一応気持ちメモリを増やした(64->128)

毎回DOS窓開いてコマンド打つのもだるいので、ショートカットのプロパティに引数指定してcolinux-daemon.exe -c default.colinux.xmlなんかにしておいてスタートアップに登録すれば、こんな感じに起動がラクチン

あとWinXPでのブリッジってブリッジしたい接続を選択して右クリックすればいいだけなのね。知ってしまえば楽勝なネタだ。