PK-PD / Drkcore

Basic Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: An Integrated Textbook and Computer Simulations

Fri, 20 May 2011 14:39:26 +0919

目次見たけど基礎のあたりがきちんと書いてありそうで、ケミストが輪読するにちょうどいい感じかも。

Basic Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: An Integrated Textbook and Computer Simulations
Sara E. Rosenbaum
Wiley / 5134円 ( 2011-05-24 )

By including clinical models of agonism, indirect drug effects, tolerance, signal transduction, and disease progression, author Sara Rosenbaum has created a work that stands out among introductory-level textbooks in this area.You'll find several features throughout the text to help you better understand and apply key concepts:

Three fictitious drugs are used throughout the text to progressively illustrate the development and application of pharmacokinetic and pharmacodynamic principles
Exercises at the end of each chapter reinforce the concepts and provide the opportunity to perform and solve common dosing problems
Detailed instructions let you create custom Excel worksheets to perform simple pharmacokinetic analyses

Because this is an introductory textbook, the material is presented as simply as possible. As a result, you'll find it easy to gain an accurate, working knowledge of all the core principles, apply them to optimize dosing regimens, and evaluate the clinical pharmacokinetic and pharmacodynamic literature.

母集団PK-PD解析

Tue, 28 Dec 2010 21:34:02 +0919

あの古くさいインプットの形式が嫌で避けていたのだけど、同僚にNONMEMやれば？と言われて母集団PK-PD解析という本を貸してくれたのでパラパラめくってみたら、なかなか面白そうだった。特に3章が気に入ったというか、僕のスタンスだと3章だけが必要で、それなりに丁寧に書かれていて良書の予感を感じさせた。しかしRやSASは適宜使ってねとかNONMEMの基本的なとこは知っているという前提で色々端折っているので真の初心者には辛いかも。

医薬品開発ツールとしての母集団PK‐PD解析―入門からモデリング&シミュレーション
谷河賞彦
朝倉書店 / 3990円 ( 2010-09 )

3. PK-PD解析編
3.1　PK-PD解析概説
3.2　演習の準備
3.3　演習1：ADVAN6によるPK解析
3.4　演習2：直接反応モデルによるPK-PD同時解析
3.5　演習3：直接反応モデルによるPK-PD逐次解析
3.6　演習4：効果コンパートメントによる時間のズレを含むPK-PD逐次解析
3.7　演習5：間接反応モデルによるPK-PD逐次解析
3.8　PK-PD解析演習のまとめ

「NONMEM古くさいインプット形式だ」とか思っていたけど、ちゃんと読んでみたら、GAMESSも似たようなもんだし、特に抵抗はなかったというか、単に食わず嫌いだった。

あと、ESSがあるならESNもあるはずだと思って調べたら、やっぱ存在していて俄然やる気がでた。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulationももう一度読みなおそうかなと思った。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter L. Bonate
Springer US / 8615円 ( 2011-06-02 )

とりあえずPK-PDで何か成果を出したいなあ

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Section III

Tue, 16 Nov 2010 21:13:47 +0919

Therapeutic Regimens

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics
Malcolm Rowland,Thomas N. Tozer
Lippincott Williams & Wilkins / ￥ 5,925 ()
在庫あり。

Chapter 9 Therapeutic Window
Chapter 10 Constant-Rate Input
Chapter 11 Multiple-Dose Regimens

Table 10.6の生理学的なパラメータが変化したときにpharmacokineticなパラメータがどう動くかというあたりは参考になったというか、流量のバランスを考えるとまぁそうだよなと。

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Chapter 8

Wed, 10 Nov 2010 21:13:52 +0919

Response Following a Single Dose

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics
Malcolm Rowland,Thomas N. Tozer
Lippincott Williams & Wilkins / ￥ 5,925 ()
在庫あり。

Explain why duration of response is often proportional to the logarithm of dose; and when it is, calculate both the minimum-effective dose and the effective half-life.

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Chapter 7

Wed, 10 Nov 2010 05:53:13 +0919

Absorptionの章

臨床よりのPK-PDの論文が難しくてめげてたのと、HaskellとかFlaskが面白くてプログラミング的なのに走ったりしてたのと、原稿書いたり発表用の資料を作ったりしてたので、半ば意図的に遠ざかっていたのだけど、最近PK-PDに引き戻されたので、読みかけの本を読み始めた。

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics
Malcolm Rowland,Thomas N. Tozer
Lippincott Williams & Wilkins / ￥ 5,925 ()
在庫あり。

結局、in vivoのデータの解釈で悩むのが吸収のあたりなので、ここらへんはきちっと問題の切り分けとかできるように、in vivo,in vitroを比較してどこにギャップが存在するのかをきちんと認識できるようになる必要があるなと。

あと、なんかよくわからない現象が見られた場合に、なんでもかんでもトランスポーターのせいにしたり、(流行り？の)肝以外の代謝とか解釈されても、それって単に問題に蓋してるだけじゃん？みたいな。じゃぁ合成の方向性どう決めるの？ってことに答えられないしプロジェクトとして前進しなかろうと。

というわけで

FH = QH/(QH + fub * CLint)

は自動ではじき出すようなルーチンいれとこうっと。

色々やらないといけないことはあるが、ちょっと前まではプログラミングと解析能力があれば色々効率的であろうとか思ってたけど、最近はこれだけじゃ足りなくて、結局数学的な素養がやっぱ必要なのかなぁと。

数学かぁ、、、

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Section II

Mon, 12 Jul 2010 20:30:44 +0919

Exposure and Response after a Single Dose

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Concepts and Applications
Malcolm Rowland,Thomas N Tozer
Lippincott Williams & Wilkins / ￥ 5,977 ()
在庫あり。

ひとつのセクションにかなり押し込んだ感じなので次の本を参考に読めば良いかもしれない

分子薬物動態学
杉山雄一
南山堂 / ￥ 8,925 ()
在庫あり。

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Concepts and Applications

Tue, 06 Jul 2010 21:51:59 +0919

SECTION Iの基本は読んだ。結構速いペースで基本が流されてるので、一から優しく教える入門書という位置づけではなさそう。あと、今までPKがあってPDがあって結びつけてPK-PDって感覚が強かったけど、この本ではまず全体としてのPK-PDがあって、その後2つのフェーズとして分けてる感じか。

input-exposure(pharmacokinetics)
exposure-response(pharmacodynamics)

カラーなので読みやすいのだけど、やたらと重い。あと章末に問題が載っていて、問題載せておいて解答は存在しない仕様か？と思ったらAppendix Jに答えが載っているという親切設計。独学でもこまらないですね。

Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics: Concepts and Applications
Malcolm Rowland,Thomas N Tozer
Lippincott Williams & Wilkins / ￥ 5,977 ()
在庫あり。

Section IIからの内容は

Single Doseでの暴露とレスポンス
投与量に関して
個体差をどう評価していくか
補完
Appendices

となっている。Appendicesの内容も結構面白そう。

おまけ(dot)

digraph sample {
    graph [rankdir = LR];
    node [shape = box]
    "Dosage\nRegimen" [style = filled, color = "#336666", fillcolor = "#CC9999"]
    "Exposure to Drug\nwithin Body" [style = filled, color = "#336666", fillcolor = "#CC9999"]
    "Desired and\nAdverse Effects" [style = filled, color = "#336666", fillcolor = "#CC9999"]
    "Dosage\nRegimen"                                       -> "Exposure to Drug\nwithin Body" [label = "Pharmacokinetics"];
    "Exposure to Drug\nwithin Body"                         -> "Desired and\nAdverse Effects" [label = "Pharmacodynamics"];
    "Desired and\nAdverse Effects"                          -> "Exposure to Drug\nwithin Body" [style = dotted];
    "Exposure to Drug\nwithin Body"                         ->"Dosage\nRegimen"  [style = dotted];
}

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation 6章

Thu, 08 Apr 2010 21:00:01 +0919

Linear Mixed Effects Models

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

理論的な説明をさらっとやって例へ。Tumor Growthの薬剤Xの抑制効果が有為かどうかという例だった。

正直、よくわからんかった。MLとREMLの使い分けとか。

あとで読みなおそう。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation 5章

Fri, 02 Apr 2010 20:42:26 +0919

Case Studies in Linear and Nonlinear Modeling

CocaineのPKモデリングの話が面白かった。IVから始まってinhalational,intranasalのモデルを作成していく。重要なのは代謝とか排泄側のプロセスで吸収過程はそれほど複雑ではないのかなぁと読んでて思ったし、漠然と感じるところではあるんだけど実際のとこどうなんだろう？

それからロジスティック回帰を使って、Adverse Eventsの検討をする例もよかった。僕の関わる領域ではそこまでのデータとることはないだろうけど、事象の発生確率をモデルに取り込む方法としては勉強になった。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

次の章から混合効果モデルに入っていく

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation

Mon, 29 Mar 2010 15:55:40 +0919

非線形混合効果モデルをやり始めたら、やっぱ線形モデルから式を丁寧に追いかけないとだめだなと。

今日は風邪がひどくて布団でゴロゴロしながら、2章を読み直してた。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

collinearrityと欠損値の扱いに結構ページを割いている。特に欠損値はICHのガイドライン等から言及してたり、臨床系のヒト向けの本だな。僕はここらへんの技術を探索研究に持ち込みたいので、欠損値の扱いとかあんまシビアに考えなくて良いかなと思っている（今は）。

サマリーに、非線形モデルを理解するためには線形モデルへの理解が必須だぜ（だから、2章に線形モデルを入れたで）というようなことが書いてあった。