http://blog.kzfmix.com/PBPKProgramming, Music, SnowboardingjaFri, 09 Feb 2018 15:54:52 +0919http://blog.kzfmix.com/entry/1518157935<p>個人的には、QSARがMDやMOのようなシミュレーションを併用しているように、QSPRのあたりもPBPKやPK-PDなどのシミュレーションを活用してもっとうまくやる日が来ないかなと願っている。</p> <p>なんかそんなこと書いてたよなーと探したら<a href="http://blog.kzfmix.com/entry/1267792138">いくつか見つけた</a>が、その当時はRに傾倒していたのか…そして8年前か、前職で無駄にサボりすぎたな…</p> <p>最近Novartisからそのあたりの論文出たので早速読んでみた。こういう論文テンション上がるわ。</p> <ul> <li><a href="https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.molpharmaceut.7b00972">Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling in Lead Optimization. 1. Evaluation and Adaptation of GastroPlus To Predict Bioavailability of Medchem Series</a></li> <li><a href="https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.molpharmaceut.7b00973">Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling in Lead Optimization. 2. Rational Bioavailability Design by Global Sensitivity Analysis To Identify Properties Affecting Bioavailability</a></li> </ul> <p>尚<a href="http://www.simulations-plus.com/assets/Rational_Bioavailability_Design_GastroPlus.pdf">スライド</a>も見つけたのと、<a href="https://scholar.google.com/citations?user=pJjqji8AAAAJ&amp;hl=en">著者</a>を調べたらsimulation plusからnovartisに移ったのかな？でもこのあたり精力的にやるんだろうなぁ。</p> <p>論文の内容は一部はよくあるQSPRでCLintを予測してPBPKモデル(一部の人達から熱狂的支持をうけるGastroPlus、でもちょっと使いづらい)に渡してBioavailability(F)を予測するというもの。</p> <p>論文中では実験値もQSPRから予測したCLintでも全然あってない、ｙ=x+aみたいな横棒の線になってた。でもCL(local)っていう局所予測モデルになおすとすごく改善していたので、おーすごいすごいこれはと読んでたけど。これはgastroplusのFに合うようにCL(local)をoptimizeして、それをQSPRで学習したっぽい…　ちょっとずるいけど仕方ないのかなぁ。以前も<a href="http://blog.kzfmix.com/entry/1317385225">似たようなこと</a>あったし。</p> <p>Figure.5のランドスケープは有用そう、今度試したい。</p> <p>2部はPBPKでシミュレーションして、PLSで重要そうなパラメータを出してくるっていう話。スキャフォールド依存的なそういうパラーメータがシミュレーションで見つかると面白いよなぁと思うが、こういうことやるには簡易でスループットの高いPKアッセイ系がないと難しいかなと思った。</p>Fri, 09 Feb 2018 15:54:52 +0919chemoinformaticsPBPK