NCBI / Drkcore

Blastの出力をタブ区切りで

Wed, 15 Nov 2006 17:10:32 +0919

先日、Blastの出力をタブ区切りで吐けるという話を聞いて

ををを～!

となったもんで、早速試してみる。家のサーバーはC3なんで静かなかわりにやたら遅い。おうちで計算したかったら、速いマシン自腹で買わないとならんわなぁ、とつくづく思い知らされた。

ちょっと話はそれたが、やりかたは、単に"-m 8"オプションつければいいだけなんだけど、昔はこのテーブル形式にしたいがために、出力をソートしてテーブルにしてたことを思うと、ちょっと感激した。

こんな感じでblast実行すると、

#/usr/local/bin/blastall -p blastp -m 8 -d /usr/fasta/swissprot -i gpc1.seq -e 1e-10

下のように、小粋でこじんまりした形でバスッと出力されるんです。（ただし、うちのマシンは2呼吸以上おかないといけない。）

GPC1_HUMAN GPC1_HUMAN 100.00 535 0 0 24 558 24 558 0.0 982 GPC1_HUMAN GPC1_RAT 88.60 535 61 0 24 558 24 558 0.0 891 GPC1_HUMAN GPC1_CHICK 61.79 458 175 0 24 481 21 478 6e-172 602 GPC1_HUMAN GPC6_HUMAN 49.35 462 225 4 28 480 26 487 3e-136 484 GPC1_HUMAN GPC6_MOUSE 49.35 462 225 4 28 480 26 487 4e-136 483

Rにまわしてもいいし、こういう感じで出力すると使い勝手はいいよね。

DDBJにSOAPってみる

Wed, 01 Feb 2006 19:36:35 +0919

SOAPな環境も出来たので、外のサーバーにSOAPでクエリを送ってみることに、わりと近めの遺伝研チュートリアルをみながら。

楽勝!! スクリプトがスッキリしててなんか気持ちいい

#!/usr/bin/perl #SOAP Lite のインクルード use SOAP::Lite; #WSDLの指定 $service = SOAP::Lite -> service('http://xml.nig.ac.jp/wsdl/GetEntry.wsdl'); #WEBサービスの呼び出し $result = $service->getXML_DDBJEntry("AB000003"); print $result;

この勢いで、E-Utilities Web Serviceにチャレンジしたが、どうもうまくいかない。パラメータの辺りなんだけど、、、

SOAPでpubmed検索してみたかったんだが、、、、

WSDL2Perl

Sun, 19 Jun 2005 12:35:40 +0919

「蛇口をひねれるようにリソースを」みたいなグリッドは、そもそも潤沢な水がナければだメジャンみたいな、ネガティブな印象が強かったけど、きびしい仕事じゃなければこういうのもありかもとか思った（むしろ惹かれたわけダ）。

dW : Web services : バイオインフォマティクス（bioinformatics）のWebサービス第1回

このシリーズはバイオインフォマティクス・アプリケーションの高スループットWebサービスを構築、配置、そして使用するうえでのプロセスを説明します。BioPerl、BioJava、そしてBioPythonのようなパッケージの付属するOpen-Bioinformatics Foundationsソフトウェア・ツールキットを基にしたソフトウェアの開発へのガイドとして機能することを考慮に入れています。（広範囲に渡る現存のアプリケーションにサービスを消費させる）BioPerlモジュールへの文書スタイルのWebサービス拡張の新たな実装を示し、サービスを配置する案内を、この記事は提供します。

ちゅうわけで、Globus Toolkit 3.2などいじってみたい予感