chemoinformaics in Scala

Sun, 28 Mar 2010 19:11:07 +0919

朝から、openbabelのjavaインターフェースを使えるようにしようといじっていたのだけど、java.lang.UnsatisfiedLinkErrorを解決することができないまま夕方になってしまった。

んーCDK使うことになるのかなぁと思ったがMXのほうが楽そうなので今回はこっちを使った。

import com.metamolecular.mx.calc.MassCalculator
import com.metamolecular.mx.io.daylight.SMILESReader

object MxTest {
  def main(args: Array[String]) {
    val calc = new MassCalculator
    for (mol <- args) {
      val mw = calc.findAveragedMass(SMILESReader.read(mol))
      println(mol + ": " + mw)
    }
  }
}

実行してみる

scalac mxtest.scala 
scala MxTest "CCC" "CO" "CNC"
CCC: 44.09562
CO: 32.04186
CNC: 45.08368

Liftを使って構造関係を扱えるWikiを作ってみたい。

Scalaスケーラブルプログラミング[コンセプト&コーディング] (Programming in Scala)
Martin Odersky,Lex Spoon、Bill Venners
インプレスジャパン / ￥ 4,830 ()
在庫あり。

MX / Drkcore

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